补加工包括等高线补加工、笔式清根补加工、区域式补加工等加工方法。各种方法的选择原则如下：
1） 等高线补加工：生成等高线补加工轨迹，可以自动识别零件粗加工后的残余部分，生成针对残余部分的中间加工轨迹，可以避免已加工部分的空走刀。此方法作为等高线粗加工的补充，当大铣刀做完等高线粗加工以后，一般用小铣刀做等高线补加工，以去除残留的余量。
2） 笔式清根补加工：生成笔式清根补加工轨迹，可以生成角落部分的补加工轨迹。用于精加工结速后，根角部分的清理，只走一刀。
3） 区域式补加工：生成等高线补加工轨迹，可针对前一道工序加工后的残余量进行补加工。零件精加工完成这后，往往在零件的根角部位还留有余量，此时需要用区域补加工去除余量。